金世宗大定十四年（西历1174年）秋，丘、刘、谭、马为王重阳祖师守丧三年期满，于陕西鄠县秦渡镇真武庙各言其志：马钰曰“斗贫”，谭处端曰“斗是”，刘处玄曰“斗志”，丘处机曰“斗闲”。言志毕，各依志向，分道行化。丘处机西入磻溪隐修。
邱处机志在斗闲，即是要以闲寂来磨炼自己的心性。人之本性，喜群居杂处，相互交游，独处久之，则必生寂寞孤独之心。
立志斗闲，即是要与人的喜动厌静、喜闹厌闲的性情作斗争，从而战胜自我，达到磨炼心性的目的，表明了邱处机欲无为应缘、优游恬惔、安闲度岁，即在闲寂中磨炼心性的志趣。
其曾有《答虢县猛安镇国》诗云：
酷爱无人境，高飞出鸟笼。
吟诗闲度日，观化静临风。
杖策南山北，酣歌西坂东。
红尘多少事，不到白云中。
在秦渡镇与马钰、谭处端和刘处玄分手之后，邱处机西游凤翔、虢州，被秦川的秀丽景色所打动，他认为，秦川风景秀丽，人杰地灵，为修道的最佳场所，遂隐修于陕西宝鸡之磻溪。
尽管磻溪的风景异常秀丽，但邱处机在磻溪仍然过着十分艰苦的生活。“烟火俱无，箪瓢不置，逐时村巷求食，”这即是他对其当时生活境况的描述。
若在严冬苦寒难耐之时，“冻手频呵仍自恨，浊骨凡胎为劣。”这样艰苦的生活，非常人所能忍受，但为了实现“全真而仙”的理想，邱处机却能安贫乐道，心安理得。
在磻溪的六年中，邱处机不管春夏秋冬，常披一蓑衣，人称“蓑衣先生”，以坚强的意志与超人的毅力，与困苦生活进行着斗争，磨炼与塑造着自己坚忍不拔的品格。
生活的艰苦，并不是邱处机修道的最大敌人，其最大的敌人乃是寂寞与孤独。在磻溪隐修期间，他经常与道友、文人相往来，并非过着完全与世隔绝的生活，但即使如此，长达六年的苦修生活，也确实令其难以忍受，但他还是坚持了下来。
大定十八年（西历1178年），马钰自终南刘蒋出环，往陇州行化，邱处机在磻溪闻之，于是与马钰相会于陇州。邱处机被龙门的景致所吸引，于是两年以后，他自磻溪迁往陇州龙门山隐修，过起真正的隐修生活。
邱处机在龙门的七年中，仍以苦修为主。但这七年并非仅仅是“磻溪潜修生活的延长”，而是磻溪隐修生活的进一步提升。
苦行是全真道不同于传统道教而却类似于佛教的地方，王重阳在创立全真道之初，本着三教合一的原则，把苦行引入全真道的修道生活。
全真七子谨尊师命，在早期的修道生活中都奉行苦行原则：马钰誓不着履、谭处端受辱泰然、王处一临涯独立、郝大通六年不语，即是他们苦行的表现。
邱处机自然也继承了师父的思想，把苦行作为自己“炼性”的一种主要方式，他主张“去声色，以清静为娱；屏滋味，以恬淡为美。”在磻溪六年、龙门七年的修道生活中，都有奉行苦行原则。
邱处机在拜师王重阳之前，“未尝读书”，但在全真七子之中，邱处机的文才却是最好的，其诗“清真平淡，多可讽颂”。
《道藏提要》称赞：“其登临揽胜，讴歌山川，苦旱喜雨，警世愍物，有如仁人志士；其赠答应酬，随机施教，除顽释蔽，论道明心，俨然一代宗师；其居山观海，呤月赞松，流连风景，则似隐士文人。”
在磻溪的六年中，邱处机不断与当地道友、士人相往来，主要以参学与借书为主，其《虢县银张五秀才处借书》诗言：
盛族文章旧得名，芝兰玉树满阶庭。
光辉代代生豪杰，讲论时时聚德星。
顾我微才弘道晚，知君博学贯心灵。
嘲吟不用多披览，续借闲书混杳冥。
六年的苦读，使邱处机从一个未尝读书的人变成了“动容无不妙，出语总成真”的饱学之士。
在磻溪、龙门的十三年，不仅是邱处机博览群书、文学奠基的时期，而且也是其道业大成的时期。
邱处机曾自称：“我福薄下志十八九年，到通天彻地处，圣贤方是与些小光明。”
自大定七年（西历1167年）九月邱处机于宁海全真庵拜师王重阳始，至大定二十六年（西历1186年）冬京兆统军夹谷公礼请其回终南山祖庭，其间正好是十九年，恰合于其十八九年方始得道的说法。因此，《玄风庆会图说文》称邱处机于龙门了道，确实不虚。
邱处机之所以于龙门道业大成，这与他在磻溪、龙门的十三年苦修是分不开的。
修道生活，可以用一个“苦”字来概括，经过十三年的苦行、苦学与苦修，邱处机不仅声名远播，而且道业大成，这一切都为其以后的弘道打下了坚实的基础。
邱处机晚年之所以能够以七十四岁高龄，远涉几万里，觐见成吉思汗于雪山之阳，并以其从容的应对与真诚的回答，使成吉思汗言听计从，这与其在磻溪、龙门的苦修是分不开的。
更新于：2022-05-22 19:12