元神，又名真神、真意，为无思无虑之先天之神；识神，又名知觉之神，为有知有觉之后天之神。元神、识神都是人类以及一切有觉知能力动物所具有的道物，不能或缺。
李涵虚《三件河车》曰：“学人收心调息，闭目存神，静之又静，清而又清，一切放下，全体皆忘，混混沌沌，杳杳冥冥。功夫到此，如天之有冬，万物芸芸，各返其根；如日之有夜，亥漏沉沉，各息其心，此无知无识之时也。谁晓得无知无识之际，才有一阳来复，恰如冬之生春，夜之向曙，蓦地一惊，无烟似有烟，无气似有气，由下丹田熏至心阙，使人如梦初醒。此初醒之心，名曰天地之心，又名妙心，又名元神，又名真意，又名玄关发现”。
黄元吉《道德经注释》曰：“有生之后，元识两神交合一处，有时元神用事，识神退听；有时识神用事，元神隐没不见。要之，无思无虑而出者，元神也；有作见解、自色身而出者，识神也。元神无形，识神有迹；一自虚无中来，一从色身中出，二者大不相侔”。
元神，识神又谓性光识光，吕洞宾《金华宗旨》云：“凡人视物，任眼一照去，不及分别，此为性光。如镜之无心而照也，如水之无心而鉴也。少倾，即为识光，以其有分别也。镜有影，已无镜矣；水有象，已非水矣；光有识，尚何光哉？”由此，元、识之分别可显然而见了。
宇宙物质两类不同的存在状态，先天者无形无质，在原子以下，属非常态物质，即现代科学谓之的微观粒子，无固液气三态变化；后天者有形有质，在原子以上，属常态物质，有固液气三态变化，先天又即出胞前在胞之际，与上相反者，则属于后天。
“形而上者谓之道，形而下者谓之器。”（《易传》）
先天者超乎后天之上，最初最始，为本为元，盖一气之尊称也。但此先天之气有三端，先天之名有二义，二义为何？先出于天者，一也；先原于天者，二也。先出于天者，比天还早，为生天生地之先天也。此气包鸿蒙之体，初名太无，天地未分，先有此气，此其先出于天也，故曰先天。此一端也；先原于天者，从天而起，为生人生物之先天。此气含氤氲之象，潜形太虚，人物未产，先有此气，此其先原于天也，亦曰先天。此二端也。至于生仙生佛之先天，合前二义兼有之。
此气从虚无中来，称太乙，金丹假此而后成，曰祖曰始曰含真，可与先出乎天、先原于天者为三相类，故亦号为先天，此三端也。历圣丹经，或谓生天生地之先天，生人生物之先天，无非比喻此生仙生佛之先天而已。（李涵虚《道窍谈》）
精气神而曰元，是本来之物。人未有此身，先有此物，而后无形生形，无质生质，乃是从父母未交之时而来者。方交之时，父精未施，母血未包，情合意投，其中杳冥有物，隔碍潜通混而为一，氤氲不散。既而精泄血受，精血相融，包此一点真变化成形，已有精气神寓于形内。虽名为三，其实是一。
一者，混元之义；三者，分灵之谓。一是体，三是用。后天之精，交感之精；后天之气，呼吸之气；后天之神，思虑之神，三物有形有象，生身以后之物。男女交媾，精血融合，结为胚胎，胎中只有元气，并无呼吸之气。及其十月胎完，脱出其胞，落地之时哇的一声，纳受天地有形之气入于丹田，与元气相合。
从此气自口鼻出入，外接天地之气以为气，此呼吸气之根也。后天之神亦于此而生。至于交感之精，尤系后有之物。（刘一明《修真辩难》）
